Semillas desarrolladas por completo de diversas variedades de calabaza que se recolectan del centro del fruto maduro y se dejan secar al sol. Existen semillas de varios tamaños, dependiendo de la variedad; su consumo, sea con cáscara o sin ella, data de la época prehispánica. Con la pepita se elaboran moles, pipianes y dulces. Son tan importantes en la cocina mexicana, que muchas especies de calabaza se cultivan sólo por las pepitas, aunque esto no significa que el fruto no se aproveche.

En el Distrito Federal, y en general en los estados del centro del país, se utiliza la pepita verde, que es la semilla pelada; su color es verde claro, de forma ovalada y algo puntiaguda. Las pepitas que se consideran de buena calidad miden unos 2 cm de largo y hasta 8 mm en su parte más ancha, y no deben estar rotas. Por lo general se tuestan ligeramente en comal y luego se muelen para preparar pipián.

En muchos mercados y recauderías la venden molida, pero no es muy recomendable comprarla así, porque es frecuente que la muelan con todo y cáscara, y en algunos casos hasta pueden agregarle pintura vegetal para intensificar el color; en este caso la pepita adquiere una consistencia granulosa o terrosa que se siente en el paladar. Esta misma semilla puede venderse sin pelar, y entonces es más barata. En muchos lugares del centro del país se venden pepitas tostadas con sal, sin pelar, de cáscara blanca, que se comen como botana; se venden sobre todo en las calles, solas o con chile en polvo o jugo de limón. Se pueden consumir con todo y cáscara, o bien, pelarlas en la boca para retirar toda la sal de la cáscara y sólo comer las pepitas.

En Xalapa, Veracruz, se expende una semilla muy grande a la que llaman pipián, ya que se utiliza para preparar ese guiso; de hecho, la calabaza que la produce se llama calabaza pipiana. Es muy común el dulce de pepita llamado jamoncillo; para prepararlo se talla la pepita con ceniza para retirarle la cascarilla color verde y de esta forma la pasta del dulce queda blanca. En Yucatán se utiliza una variedad de pepitas de calabaza pequeñas a las que llaman pepitas menudas. En Juchitán, Oaxaca, se utiliza una variedad llamada pepita corriente, para preparar el molito de camarón.

Aceite de una variedad de semillas de calabaza pequeñas a las que en Yucatán llaman chinchillas, las cuales se pelan, tuestan, muelen y rehidratan con agua saborizada con epazote; luego se amasan poco a poco con las manos y se aprietan fuertemente hasta que empieza a salir su grasa natural. No se obtiene gran cantidad de ella: de una taza de pepitas se obtienen una o dos cucharadas, como máximo. Una vez extraído el aceite, con las pepitas molidas se hace la salsa para los papadzules. Esta técnica de extraer el aceite a las pepitas es propia de Yucatán, donde se utiliza específicamente para rociar los mencionados papadzules, aunque para muchos cocineros resulta muy tedioso y difícil extraer el aceite de la pepita y con frecuencia omiten este paso, por lo que no debe extrañar que se sirvan sin él.